С самого начала

Родился 21 ноября 1950 г. в п. Чаргын-Таш Сузакского района Ошской обл. Киргизской ССР.Русский.

В 1973 г. окончил Донецкий государственный медицинский институт по специальности санитарный врач.

В 1973 - 1976 гг. - врач-эпидемиолог отделенческой санэпидстанции Ясиноватая Донецкой железной дороги.

1976 - 1982 гг. - главный врач линейной санэпидстанции Красноармейск Донецкой железной дороги.

1982 - 1983 гг. - главный врач санэпидстанции Московского метрополитена.

1983 - 1987 гг. - главный врач центральной санэпидстанции МПС СССР (Москва).

1987 - 1988 гг. - референт Отдела здравоохранения и социального обеспечения СМ РСФСР.

1988 - 1991 гг. - заместитель начальника Главного эпидемиологического управления Минздрава СССР, Москва.

1991 - 1996 гг. - заместитель председателя Госкомсанэпиднадзора России.

С 1 июня 1996 г. - исполняющий обязанности председателя Госкомитета. Занимал эту должность вплоть до ликвидации Госкомитета 14 августа 1996 г.

25 октября 1996 г. назначен первым заместителем Министра здравоохранения РФ, главным государственным санитарным врачем РФ..

4 февраля 1997 г. вошел в состав Межведомственной Комиссии по предотвращению поступления на внутренний рынок страны недоброкачественных,
опасных для здоровья населения потребительских товаров.

14 февраля 1997 г. вошел в состав Правительственной комиссии по окружающей среде и природопользованию.

22 апреля 1997 г. вошел в состав межведомственной комиссии по проблемам генно-инженерной деятельности.

21 июля 1997 г. вошел в состав Межведомственной комиссии по рассмотрению вопросов государственной монополии на производство и оборот этилового
спирта и алкогольной продукции.

14 августа 1997 г. вошел в состав Межведомственной комиссии по участию РФ в "восьмерке".

19 сентября 1997 г. вошел в состав Межведомственной комиссии СБ РФ по экологической безопасности.

30 октября 1998 был введен в состав Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений.

24 декабря 1998 г. вошел в состав Межведомственной комиссии СБ РФ по пограничной политике.

С 29 января 1999 года - член Межведомственной комиссии по предупреждению и ликвидации чрезвычайных ситуаций.

29 января 1999 г. вошел в состав Правительственной комиссии по вопросам СНГ.

16 июня 2000 года включен в состав Федеральной антитеррористической комиссии.

В январе 2001 года выступил с заявлением, в котором предложил отнести пиво крепостью свыше 1,2% к алкогольным напиткам. Это заявление вызвало
протест руководителей пивоваренной промышленности России, поскольку принятие такого решения привело бы к изменению налогообложения. Свою
позицию обосновывал тем, что "идет алкоголизация страны" (КоммерсантЪ, 19 февраля 2001). В марте 2001 министр здравоохранения отменил
постановление Онищенко от декабря 2000 года "Об усилении госсанэпидемнадзора за пивоваренной продукцией", которое вызвало критику пивоваров.

7 мая 2001 г. представители пивоваренной компании "Балтика" подали иск в Московский арбитражный суд на Онищенко, требуя опровергнуть
"компрометирующие данные", распространенные им, а также выплатить им символическую сумму в 1 тыс. руб. в качестве компенсации за убытки,
понесенные "Балтикой" в результате выхода постановления "Об усилении госсэпидемнадзора..." Дело было принято к производству, но в июне 2001 г.
прекращено. Арбитражный суд рекомендовал истцу обратиться в суд общей юрисдикции.

С декабря 2003 года - член Комиссии РФ по осуществлению международной стратегии уменьшения опасности бедствий.

9 марта 2004 г. была создана Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.

12 марта 2004 г. Онищенко был назначен руководителем службы.